Post by alamin447 on Aug 4, 2023 21:58:34 GMT -7
法。每个亚型的表达。 方法 数据采集 来自 7 个物种的大脑、小脑、心脏、肾脏、肝脏和睾丸的 76 bp 和 101 bp RNA-seq 数据集：人类 ( Homo sapiens )、猕猴 ( Macaca mulatta )、小鼠 ( Mus musculus )、负鼠 ( Monodelphis )家畜）、黑猩猩（Pan troglodytes）、大猩猩（Gorilla gorilla）和鸡（Gallus gallus）从Gene Expression Omnibus（GEO登录ID：GSE30352）下载。
参考基因组和注释文件（基因转移格式，GTF）从Ensembl注释，版本92中检索。从GTF文件中提取蛋编码转录本的信息。 RNA-seq数据预处理 使用 FastQC / )控制读数的质量。为了获得同质比较Telegram 用户号码列表，对样本进行如下处理：1) 使用单端读数或双端读数的正向读数，2) 所有样本的读数被修剪至 70 bp，以及 3)使用 Trimmomatic-0.36 过滤掉超过 5 N 个碱基的读数 [ 55 ]。最后，将同一组织样本的
读数组合起来进行进一步分析。 基因表达和 AS 定量 我们使用 Whippet (v0.5) [ 18 ] 来检测和量化 AS 事件的 Ψ 和剪接复杂性。首先，使用 TopHat2（v2.1.1、-N 3、-no-novel-indels、-no-discordant、-no-mixed）将 RNA-seq 读数映射到相应的参考基因组上 [ 56]。对同一物种的映射 bam 文件中的唯一读取进